แม้การดูดไขมันปีกหลังจะเป็นหัตถการที่ให้ความปลอดภัยเมื่อดำเนินการโดยแพทย์ที่มีความรู้ในการรักษา ภายใต้สภาพแวดล้อมที่ได้มาตรฐาน แต่ก็ยังอาจมีผลข้างเคียงเกิดขึ้นได้ ซึ่งสามารถแบ่งออกเป็น 2 กลุ่มหลัก ได้แก่

1. ผลข้างเคียงทั่วไป (พบได้บ่อยและมักหายเอง)

• อาการบวมและช้ำ บริเวณที่ดูดไขมันอาจมีอาการบวมแดงหรือช้ำในช่วง 5–14 วันแรก ซึ่งเป็นปฏิกิริยาปกติของร่างกายต่อการบาดเจ็บเล็กน้อยจากหัตถการ
• อาการเจ็บระบมหรือปวดตึง มักคล้ายกล้ามเนื้ออักเสบ โดยเฉพาะเวลาเคลื่อนไหวหรือเปลี่ยนท่าทาง ซึ่งสามารถบรรเทาได้ด้วยยาแก้ปวดที่แพทย์สั่ง
• รู้สึกชาเฉพาะจุด อาจเกิดจากเส้นประสาทเล็ก ๆ ที่ถูกกระทบชั่วคราว อาการนี้มักค่อย ๆ หายภายใน 1–3 เดือน
• น้ำเหลืองซึมจากแผล โดยเฉพาะในช่วง 1–3 วันแรก มักเกิดจากของเหลวในชั้นไขมันที่ร่างกายกำจัดออก และจะหยุดได้เอง

2. ผลข้างเคียงที่อาจก่อให้เกิดอันตรายได้ (พบได้น้อยแต่ต้องระวัง)

• ติดเชื้อบริเวณแผลหรือใต้ผิวหนัง อาจเกิดจากการดูแลแผลไม่ถูกต้อง หรือสภาพแวดล้อมไม่สะอาด อาการที่ควรสังเกตได้แก่ แผลบวมแดง มีหนอง หรือมีไข้ร่วมด้วย
• ผิวไม่เรียบ เป็นคลื่นหรือเป็นรอยบุ๋ม มักเกิดจากการดูแลหลังทำไม่เหมาะสม เช่น ไม่ใส่ชุดกระชับ หรือดูดไขมันไม่สมดุลในบางจุด
• เลือดออกผิดปกติหรือเกิดก้อนเลือดใต้ผิวหนัง (Hematoma) แม้พบไม่บ่อย แต่หากเกิดขึ้นต้องรีบพบแพทย์เพื่อตรวจประเมิน
• พังผืดแข็งใต้ผิว อาจเกิดจากกระบวนการสมานตัวของเนื้อเยื่อภายใน หากมีขนาดใหญ่หรือรู้สึกเจ็บ อาจต้องทำการรักษาเพิ่มเติม เช่น นวดเปิดพังผืดหรือใช้คลื่น RF ร่วม
• ภาวะแทรกซ้อนจากยาสลบ เช่น หัวใจเต้นผิดจังหวะ ความดันตก หรือแพ้ยา ซึ่งป้องกันได้ด้วยการประเมินสุขภาพอย่างละเอียด และการดูแลโดยวิสัญญีแพทย์