แม้ว่ายาลดความอ้วนที่ได้รับการรับรองจากแพทย์จะสามารถช่วยควบคุมน้ำหนักได้ แต่เนื่องจากยาเหล่านี้ออกฤทธิ์ต่อระบบต่าง ๆ ของร่างกาย เช่น ระบบประสาทส่วนกลาง ระบบทางเดินอาหาร และระบบหัวใจและหลอดเลือด จึงอาจก่อให้เกิดผลข้างเคียงได้ตั้งแต่ระดับที่ไม่รุนแรง ไปจนถึงอาการที่เป็นอันตรายร้ายแรง จึงควรทราบและเฝ้าระวังอาการเหล่านี้อย่างใกล้ชิด

1. ผลข้างเคียงต่อระบบทางเดินอาหาร (พบบ่อยในกลุ่ม GLP-1, GIP และ Orlistat)
   • คลื่นไส้ อาเจียน ท้องเสีย หรือท้องผูก มักเกิดขึ้นในช่วงแรกของการใช้ยาในกลุ่ม Liraglutide, Semaglutide, และ Tirzepatide ซึ่งส่วนใหญ่จะดีขึ้นเมื่อร่างกายปรับตัวได้ (2–4 สัปดาห์)
   • แน่นท้อง ท้องอืด จุกแน่น อิ่มเร็ว เป็นผลมาจากการที่ยาชะลอการบีบตัวของลำไส้ ทำให้การย่อยอาหารช้าลง
   • ถ่ายอุจจาระเป็นน้ำมัน (Oily Defecation) พบบ่อยในยา Orlistat เนื่องจากยาไปยับยั้งการดูดซึมไขมันจากอาหาร
2. ผลข้างเคียงต่อระบบประสาทและอารมณ์ (พบบ่อยในกลุ่ม Phentermine)
   • ใจสั่น หัวใจเต้นเร็ว หรือความดันโลหิตสูง เป็นผลจากการกระตุ้นระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งเป็นอาการอันตราย โดยเฉพาะผู้ที่มีประวัติโรคหัวใจหรือความดันโลหิตสูง
   • ปากแห้ง คอแห้ง และนอนไม่หลับ มักเกิดจากยาในกลุ่มกดความอยากอาหารที่ออกฤทธิ์กระตุ้นประสาท
   • อาการทางอารมณ์ วิตกกังวล อยู่ไม่สุข หรือในกรณีที่รุนแรงอาจนำไปสู่อาการซึมเศร้า หรือความคิดอยากทำร้ายตัวเอง ซึ่งต้องหยุดยาและปรึกษาแพทย์ทันที
3. ผลข้างเคียงอื่น ๆ ที่ต้องระวัง
   • ภาวะน้ำตาลในเลือดต่ำ (Hypoglycemia) อาจเกิดขึ้นในผู้ป่วยเบาหวานที่ใช้ยาลดน้ำตาลชนิดอื่นร่วมกับยากลุ่ม GLP-1/GIP (เช่น Semaglutide, Tirzepatide)
   • ความเสี่ยงต่อการขาดน้ำ หากมีอาการคลื่นไส้ อาเจียน ท้องเสียต่อเนื่อง อาจนำไปสู่ภาวะขาดน้ำและเสียสมดุลเกลือแร่
   • ภาวะโยโย่ (Yo-Yo Effect) หากหยุดใช้ยาลดน้ำหนักโดยที่ไม่ได้ปรับพฤติกรรมการกินและออกกำลังกายควบคู่กันอย่างถาวร น้ำหนักมักจะกลับมาเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว (Weight Regain) ซึ่งบางครั้งอาจมากกว่าน้ำหนักก่อนเริ่มลด
   • อาการแพ้ยา อาจมีการคลื่นไส้ อาเจียน มีผื่นคันขึ้นตามร่างกาย กรณีนี้ไม่ได้เกิดขึ้นกับทุกคน หากมีอาการผิดปกติต้องรีบแจ้งแพทย์โดยด่วน