แม้ว่าการทำ Low Carb Diet คือแนวทางในการลดน้ำหนักที่สามารถเห็นผลได้จริง แต่ถ้าหากมีการปรับเปลี่ยนมื้ออาหาร หรือวิธีการรับประทานอาหารที่รวดเร็ว หรือไม่ถูกวิธี อาจก่อให้เกิดผลข้างเคียงที่ไม่ดีต่อสุขภาพร่างกายได้ ยกตัวอย่างเช่น

• ร่างกายอ่อนล้า อ่อนเพลีย เนื่องจากคาร์โบไฮเดรตเป็นแหล่งพลังงานสำคัญของร่างกาย เมื่อไหร่ที่ได้รับน้อยลง ก็เป็นปกติที่ร่างกายจะเกิดความเหนื่อยล้าได้ หรือในบางรายอาจมีความรู้สึกคล้ายจะเป็นหวัด ไม่สบาย มีอาการปวดศีรษะร่วมด้วย
• ภาวะขาดสารอาหาร เนื่องจากการไม่สามารถรับประทานอาหารได้อย่างหลากหลายเท่าที่เคย ทำให้มีโอกาสที่ร่างกายจะขาดวิตามิน แร่ธาตุ หรือสารอาหารบางอย่าง ซึ่งส่งผลกระทบต่อระบบการทำงานต่าง ๆ ของร่างกาย
• มีปัญหาเรื่องการขับถ่าย หรือท้องผูก เพราะร่างกายไม่ได้รับไฟเบอร์จากอาหารประเภทแป้ง หรือผัก ผลไม้บางชนิด แต่สามารถแก้ไขได้ด้วยการดื่มน้ำให้เพียงพอ และเลือกทานอาหารที่มีกากใยสูงเพื่อทดแทน
• เป็นตะคริวตามกล้ามเนื้อส่วนต่าง ๆ เนื่องจากขาดแร่ธาตุบางชนิด โดยเฉพาะโพแทสเซียม แมกนีเซียม และโซเดียมที่พบได้บ่อยในกลุ่มธัญพืช ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการทำงานของกล้ามเนื้อและเส้นประสาท 
• กลิ่นปากไม่พึงประสงค์ ซึ่งมักจะมีกลิ่นคล้ายโลหะ หรืออาจรู้สึกว่าน้ำลายหวานกว่าปกติ เนื่องจากเป็นผลข้างเคียงมาจากการเผาผลาญไขมันของร่างกายที่ผลิตสารคีโตนซึ่งถูกขับออกมาทางลมปาก ไอลมหายใจรวมถึงปัสสาวะนั่นเอง
• ประสิทธิภาพในการทำกิจกรรมต่าง ๆ ลดลง โดยเฉพาะการเล่นกีฬา เพราะไม่เพียงแต่จะทำให้เกิดการเหนื่อยล้าแล้ว ยังอาจทำให้ร่างกายเกิดการปรับตัวไม่ทัน หรือมีความทนทานของร่างกายต่ำลงด้วย